Na 11ª temporada, a história continua a seguir os agentes do FBI, Fox Mulder e Dana Scully, em suas investigações de casos paranormais e conspirações governamentais.
Mulder é confrontado com o reaparecimento do Homem Fumante, um personagem chave na conspiração alienígena, enquanto Scully descobre uma ligação entre suas visões e a sobrevivência da humanidade. Eles embarcam em uma jornada perigosa para desvendar os segredos por trás das abduções alienígenas e o plano para controlar a população.
Scully lida com questões de fé, enquanto Mulder confronta seu passado e busca respostas sobre o desaparecimento de sua irmã.
