A nona temporada começa com a equipe do Jeffersonian em busca de Brennan, que foi sequestrada por um antigo colega, Christopher Pelant. Booth e a equipe fazem de tudo para resgatá-la e, eventualmente, conseguem trazê-la de volta em segurança. No entanto, a ameaça de Pelant persiste, e ele continua a desafiar e atormentar a equipe ao longo da temporada.
Enquanto enfrentam os casos semanais, Brennan e Booth também lidam com questões pessoais. Brennan descobre que está grávida de Booth e os dois começam a se preparar para a chegada de seu filho. Eles enfrentam os desafios de conciliar suas carreiras com a paternidade iminente e exploram as complexidades de seu relacionamento.
Os episódios também exploram a dinâmica dos outros membros da equipe do Jeffersonian. O Dr. Jack Hodgins e a Dra. Angela Montenegro enfrentam problemas financeiros e tentam encontrar uma solução para suas dificuldades. Já a Dra. Camille Saroyan embarca em um novo relacionamento enquanto lida com os desafios de ser a chefe da equipe.
